学校前身是创办于1955年的安徽省合肥卫生学校， 2001年6月26日在安徽省合肥卫生学校、安徽省卫生干部进修学校基础上设置安徽卫生职业技术学院， 2002年3月21日改为安徽医学高等专科学校。
安徽医专学校专业设置
学校设有8个系部、21个专业，面向全国13个省份招生。医学检验技术、医疗电子工程专业获中央财政支持高等职业学校提升专业服务能力项目；临床医学、药学、生物制药技术、医学检验技术、医疗电子工程专业等为省级特色专业，护理专业为省级高职高专教育教改示范专业。学校积极构建职业教育立交桥，开展专升本及自学考试助学，满足学生学历、学业继续深造的需求。
安徽医专学校专业分类
截至2014年，该校设有临床医学系 、医学技术系 、基础部、口腔医学系 、公共卫生与卫生管理系、药学系及护理系。开办14个专科专业。
安徽医专学校师资力量
学校师资力量雄厚，结构合理。目前，有412名在岗教职工，其中专任教师中具有硕士及以上学位的占50.3%，教授18人，副高级专业技术资格71人，省级专业带头人14人。另有一支由医疗卫生机构和医药企业等专家技术能手组成的稳定兼职教师队伍。
2006年起，学校被国家教育部选定为新加坡护理医科全额奖学金项目合作院校。2014年获批与韩国中源大学合作培养护理专业学生，并与美国布鲁姆菲尔德学院、英国西伦敦大学、台湾元培科技大学等国（境）外院校建立了友好合作关系。
安徽医专学校科研成果
截至2016年，该校获准立项省厅级以上科研课题130项，发表论文789篇，其中SCI论文13篇。获批1项国家教学成果奖，18项获省级教学成果奖立项。