学校成立于1956年，是新中国在少数民族地区最早建立的高等医学院校之一，当时隶属于国家卫生部，1958年划归内蒙古自治区管理。前身为内蒙古医学院，2012年3月，经教育部批准，更名为内蒙古医科大学。
内蒙医大成长历程
经过50多年的建设和发展，内蒙古医科大学为国家培养各级各类人才3万余名，为自治区经济发展、社会进步、科技创新、文化传承、民族团结、边疆稳定做出了重要贡献，已成为一所具有鲜明办学特色的地方高等医药院校。2007年，学校顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估，被评为“优秀”等次。
内蒙医大院系设置
截至2014年4月，学校设有基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、思想政治理论教研部、卫生管理学院(自治区卫生政策研究所)、外国语学院、计算机信息学院、护理学院（卫生技术学校）、体育教学部、研究生学院、继续教育学院、鄂尔多斯学院、口腔医学院等15个教学单位，有3所直属附属医院、4所非直属附属医院，7所临床医学院。
内蒙医大师资力量
截至2014年4月，学校有专任教师855人。其中，教授182人，副教授236人，具有博士学位人员171人，硕士学位人员410人，专任教师中具有硕士及以上学位教师的比例为67.95%。有硕士生导师413人，兼职博士生导师16人。享受国务院政府特殊津贴专家61人，国家和自治区有突出贡献的中青年专家29人，国家“新世纪百千万人才工程”第二层次人选1人，自治区“新世纪321人才工程”第一、二层次人选49人，自治区高等教育“111人才工程”第一、二层次人选9人，自治区杰出人才3人，自治区草原英才创新团队6个、自治区草原英才19人，有自治区师德标兵1人，自治区教学名师8人，自治区优秀教师3人，自治区教坛新秀6人，1个国家级教学团队，5个自治区级教学团队，学校着名蒙医专家苏荣扎布教授荣获全国“国医大师”荣誉称号。
内蒙医大科研机构
截至2014年4月，学校有5个自治区重点实验室，2个自治区工程研究中心（实验室），1个自治区工程技术中心。学校还有内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所等研究机构。
内蒙医大校训
博学，尚行，精诚，至善